《中国历史地图集》中描绘的明成祖时期（1402年—1424年）的明朝最大疆域，包括羁縻地东北地区（包括外东北）、新疆哈密、青藏地区和短暂统治的安南地。

哈佛大学出版的地图对明朝永乐年间疆域的描绘

洪武初年，全国广设军事卫所，并设立都卫统领一方卫所，直至洪武八年（1375年）将都卫改为都指挥使司，俗称都司，管理辖下诸卫所的军政，上受兵部和五军都督府节制。洪武九年（1376年）废除行中书省，改立承宣布政使司，俗称布政司或藩司，管理地方民政，与中央六部直接联系。另外还有负责监察司法的提刑按察使司，俗称按察司或臬司，听命于刑部，管理司法监察。

布政司、按察司、都司合称三司，终明一代始终是法定的一级行政机关，前后设立过十四组：陕西、山西、山东、河南、浙江、江西、湖广、四川、广东、福建、广西、贵州、云南、北平（永乐以后废除，改为北直隶[注 1]）。再加上以应天府为核心的直隶地方（永乐以后改称南直隶[注 2]），共计十五个一级行政区，俗称“两京十三省”。

永乐四年（1406年）明军推翻越南胡朝，在其故地设立交趾三司，但越南军民从未停止反抗，直到宣德二年（1427年）明军在蓝山起义中大败而逃，越南后黎朝建立，交趾三司就此废除。

明朝的民政区划主要有布政司、府、州、县等种类。其中州的层级不定，分为与府平级的直隶州和府下辖的散州两类，但都可以辖县，因此县的层级也不定，“布政司—府—县”和“布政司—府—州—县”两种结构兼有。然而，不仅辖州的府可以有不属于任何州的直辖县（如顺天府发展自蓟县的大兴县），辖县的州亦可以有不属于任何县的直辖地区，如顺天府蓟州原属渔阳县的州城一带。即总体结构“（布政司）—（府）—（州）—（县）”中州和县不得同时缺失（府不得作为基层行政区划），而当州缺失时府不得缺失（县不得作为不考虑布政司的顶层行政区划）。

洪武九年以前，沿旧例将京师应天府周边，囊括江东、浙西、淮南、淮北的广大地域，交由中书省直辖。废中书省后则改由六部直隶，永乐十九年以后将原北平布政司下辖府州也改由六部直隶。

各直隶府州在六部不设独立司局管理，而是分派给与十三省对接的司局兼管。以刑部为例，广东司除了对接广东各府州，还兼管应天府和延庆州。

布政司和按察司都有权派遣副使巡查境内府州，布政司派遣者常称分守某某道、按察司派遣者常称分巡某某道，另有兵备道、提学道、清军道、粮储道等各种名义，皆无定制，所以一般不视为行政区划。

明朝的军政区划主要有都司、卫、所等种类。终明一代都司级机构共有23个，除了13个与布政司配套的都司，还有3个独立都司（万全都司、大宁都司、辽东都司）、5个行都司（陕西行都司、四川行都司、湖广行都司、福建行都司、山西行都司）、2个留守司（中都留守司、兴都留守司）。都司之下有卫、千户所、百户所等，大多拥有独立的堡垒城寨，并驻扎军户，以屯田、戍边为业。卫所分布集中在北方边疆、东部海疆、西南苗疆三大区域。

另外还有一些羁縻性质的都司卫所，如东北方的奴儿干都司、西南方的乌斯藏都司、朵甘都司（国际上对明朝是否实际统治了西藏存在较大的争议，请参详明朝与吐蕃关系史）、西北方不设都司的关西八卫（哈密卫、安定卫、阿端卫、曲先卫、赤斤蒙古卫、沙州卫、罕东卫、罕东左卫）等。

南明时期，延平郡王郑成功在台湾设立承天府，下辖天兴、万年二县，另设澎湖安抚司，号为“东都”，后郑经改东都为东宁，并于承天府之上再设东宁总制府。